Margrete har tidligere arbeidet for Mattilsynet i Ålesund og Oslo innen fisk og sjømat, import, eksport og tilsyn. Før ansettelse i Møreforsking arbeidet hun i Møre og Romsdal fylkeskommune med gjennomføringen av vannrammedirektivet i vannregion Møre og Romsdal. I Møreforsking inngår hun i forskningsgruppen Bærekraftig hav og kyst der hun blant annet driver forskning innen fiskeri, akvakultur og utnyttelse av marine alger.