The genome of the holothuroid Parastichopus tremulus

The sea cucumber Parastichopus tremulus is an important holothuroid species inhabiting the eastern North Atlantic Ocean benthic zone at depths from about 20 to 3000 m. Geographical distribution is from the Barents Sea in the north to the Canary Islands in the south. Along with the increasing commercial interest of new sea cucumber species, research into sea cucumber biology has also advanced.

Recently, the genomes of tropical sea cucumber species have become available. However, genomes of cold-water sea cucumbers are still lacking. To fill this knowledge gap, both the mitochondrial genome and the nuclear genome of P. tremulus have been sequenced and assembled. Mitochondrial genome size and gene-organization closely matched what has been found for other holothuroids of the Stichopodidae family. The total nuclear genome assembly length was found to be 775 Mb at 24× coverage and achieved a final BUSCO completeness score of 87.2%.

Publisert:
2025
Utgiver:
Møreforskning
Genome
Oppdragsgiver:
Rapportnummer:
Kategori:
Vitenskapelig artikkel

Relaterte prosjekter

Sjøpølse-Popgen
Sjøpølse-Popgen har som mål å fylle kunnskapshull knyttet til populasjonsstruktur og livshistorie hos den røde sjøpølsen ved hjelp av genetiske metoder.
Tidsrom:
2025 - 2025
Finansiert av:
Fiskeridirektoratet
Fagområder:
Nye marine ressurser
Marin bioteknologi
Har du spørsmål om vår forskning eller ønsker et samarbeid?

Ønsker du å samarbeide med Møreforsking, eller har du spørsmål om våre publikasjoner eller prosjekter? Ta gjerne kontakt, så hjelper vi deg videre og finner den løsningen som passer best. Våre forskere har bred kompetanse og lang erfaring innen ulike marine fagområder.